او نیز با پرت کردن خود از بالای بام، اقدام به خودکشی می‌کند. در این هنگام شیخ علی خان به این عمل شاه اعتراض می‌کند و شاه خشمگین شده و او را از وزارت عزل کرد.

در ایام غیبت وی از وزارت، هرگز صدر اعظمی به جای وی منصوب نشد (ژ، همان، ج٥، ص١٨٢).

شاردن می‌نویسد: در ایام قترت مزبور، سه نفر از بزرگان دربار متعهد به اداره امور وزارت اعظمی بودند (همان، ج٣،ص١٠٨).

به نظر می‌رسد در ایام غیبت شیخ علی خان از وزارت، عمده کارهای مربوط به وزارت را کیخسرو خان تفنگچی آقاسی انجام می‌داد و میرزا صادق مستوفی الممالک به امور داد و ستد دفتری می‌پرداخت و کیخسرو بعدها وظیفه وی را نیز ضمیمه خود نمود و به این وسیله به اقتدار خود افزود (مشیزی، همان، ص٣٨٨).

به نظر می‌رسد که قصد شاه سلیمان از عزل شیخ علی خان، هرگز عزل قطعی و همیشگی وی نبوده باشد.

چه اولاً به جای او اعتمادالدوله‌ای انتخاب نکرد،

ثانیاً شیخ علی خان در طول مدت غیبت خود گاه‌گاهی به حضور شاه می‌رسید، چرا که او را از حضور در دربار محروم نساخته بودند (ژ،همان، ج٣، ص١٠٨).

سرانجام ایام فترت به سرآمد و شیخ علی خان (در سنه ١٠٨٣ ق) نواب اشرف را به نوازشات خسروانه اختصاص داد و از طرف خود با عزت و اکرام و افتخار به کار خویش منصوب نمود و پس از آن دیگر شاه به نوشیدن شراب و ادارش نکرد (ژ، همان، ج ٨، ص ١٥٩).

مرحله دوم وزارت وی که از سال ١٠٨٣ ق آغاز شده، یکی از طولانی‌ترین ادوار وزارت در تاریخ صفویه بود. شیخ علی خان در طی این مدت طولانی اختیارات زیادی در اداره کشور کسب کرد و به این وسیله تأسیسات و اصلاحات اساسی در ساختارهای متعدد حیات اداری، اقتصادی، نظامی و سیاسی کشور به وجود آورد.

ویژگی‌های شیخ علی خان: توصیفاتی که در برخی منابعِ مربوط به عصر صفوی در مورد ویژگی‌های اخلاقی شیخ علی خان وجود دارد، به اتفاق نکات غالباً مثبت در وی می‌باشند، آنچه در مورد وی بیش‌تر نقل شده است :