٧. رساله فی صلاه الجمعه ؛ صاحب ریاض متذکر شده که ملا خلیل مطالب این رساله را ابتدا در شرح فارسی خود (کافی) آورده بود و بعد به صورت رساله مستقلی در آورد و ملا محمد طاهر قمی در رد آن رساله‌ای تألیف نمود.

پس از آن ملا خلیل رساله دیگری باز به فارسی نوشت و در آن باز بر انکار خود اصرار نمود.

ولی او بعداً رساله سومی در این موضوع نوشته و در آن میانه روی را در پیش گرفته است.[١]

نسخه‌های متعددی از رساله‌های نماز جمعه ملا خلیل، از جمله ؛ نسخه‌ای به شماره ٨٦٠٢ در کتابخانه آستان قدس رضوی.[٢]

دو نسخه در کتابخانه مسجد اعظم قم به شماره ١٣٥٩ و ١٤٣٢.[٣]

و نسخه‌ای در کتابخانه ملک تهران به شماره ١٩٢٠[٤] در دست است.

٨. رموز التفاسیر الواقعه فی الکافی والروضه[٥]؛ ملا خلیل در این اثر، آدرس احادیثی را که در کتاب کافی در تفسیر آیات شده، نقل کرده و با قرار دادن رموزی برای کتاب و باب های کافی، موضع آنها مشخص نموده است.

چهار نسخه از این کتاب تاکنون شناسایی شده است که عبارتند از:

[١]. افندی اصفهانی، همان، ج٢، ص٢٦٦.

[٢]. فهرست الفبایی آستان قدس رضوی، ص٣٨٥.

[٣]. فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه مسجد اعظم، ص٢٨١.

[٤]. فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه ملک، ج٥، ص٣٩٧.

[٥]. آقا بزرگ تهرانی، ج١١، ص٢٥١.