افندی در شرح حالش، متذکر شده که وی را با حاکم تهران و قزوین قصه‌های زیادی است که می‌تواند به ناسازگاری وی با حاکمان ری و تهران در هنگام داشتن تولیت موقوفات باشد.

ملّا خلیل پس از عزل از تولیت آستانه حضرت عبدالعظیم علیه السلام راهی مکه مکرمه می شود. او چند سالی مقیم آن بلده طیّبه می‌گردد، ولی زندگیش در آنجا نیز متلاطم بوده است.

در کتاب های تذکره، مناظرات گوناگونی نقل شده که بین ملّا خلیل و عالمان شیعه و سنی در مسائل مختلف رخ داده است.

شیخ حر عاملی نقل می‌کند :

اولین بار که به مکه مشرف شده، ملّا خلیل را ملاقات نموده که مشغول حاشیه نوشتن، بر مجمع البیان بوده است.[٢]

عبدالحی رضوی در کتاب حدیقه الشیعه[٣]، هنگامی که درباره حج گزارش می‌دهد،می‌نویسد :

حکام مکه هنگامی که عید قربان مصادف با روز جمعه می‌شده، آن را حج اکبر اعلام می‌کردند و از این طریق، منافعی عائد آنها می‌شده است.

[١]. آقا بزرگ تهرانی، محمدمحسن، طبقات اعلام الشیعه، ص ٢٠٤.

[٢]. شیخ حر عاملی، امل الامل، ج٢، ص١١٢.

[٣]. تنها نسخه شناخته شده از این کتاب، در کتابخانه آیت الله مرعشی نجفی به ش ١١٢٤ نگهداری می‌شود، (فهرست نسخه‌های خطی کتابخانه آیت الله مرعشی، ج ٣، ص٢٩٥).