انتخاب رهبر از ميان مراجع را منتفى دانسته، اعلام نمود: «صرف اجتهاد و فقاهت از نظر علمى براى رهبر كفايت مى‌كند» و به اين ترتيب اصل ١٠٧ قانون اساسى در اين رابطه اصلاح گرديد و زمينه براى انتخاب رهبر از ميان فقها و مجتهدين فراهم شد.

در عين حال با توجه به بحث انگيز بودن اختيارات رهبر به عنوان ولى فقيه و با توجه به نظر حضرت امام كه معتقد به اصل ولايت مطلقه فقيه بود و با توجه به اينكه در قانون اساسى سال ١٣٥٨ اين مسئله به سكوت برگزار شده بود، اصل ٥٧ قانون اساسى اصلاح وحاكميت ولايت مطلقه و اين كه همه قواى سه‌گانه تحت نظر ايشان مى‌باشند، صراحتاً بيان گرديد.

٢. حذف مقام نخست‌وزير: در قانون اساسى سال ١٣٥٨ رئيس‌جمهور با رأى مستقيم مردم انتخاب مى‌گرديد و نخست‌وزير به پيشنهاد رئيس‌جمهور و با رأى اعتماد مجلس شوراى اسلامى منصوب مى‌شد و وزرا نيز با طى مراحل سه‌گانه با معرفى نخست‌وزير، تأييد رئيس‌جمهور و تصويب مجلس شوراى اسلامى تعيين مى‌گرديدند. در عين حال مسئوليت قوه مجريه بر عهده نخست‌وزير بود و رئيس‌جمهورى در واقع بعد از انتخاب نخست‌وزير و وزرا نقشى تشريفاتى پيدا مى‌كرد و اين امر با انتخابى‌بودن رئيس‌جمهور از طرف مردم و توقّعات و انتظارات آنها در برنامه‌هايى‌كه در دوران تبليغات انتخاباتى صورت مى‌داد، هم‌خوانى نداشت. بنابراين نوعى دوگانگى در قوه مجريه به وجود آمده بود كه در دهه اول انقلاب، مشكلاتى را هم درپى داشت. بنابراين در بازنگرى قانون اساسى پست نخست‌وزيرى حذف شد ورئيس‌جمهور به عنوان رئيس و مسئول قوه مجريه، مسئوليت‌هاى نخست‌وزير را نيز بر عهده گرفت.

٣. قوه قضائيه: بر طبق قانون اساسى سال ١٣٥٨ مسئوليت اداره قوه قضائيه تحت سرپرستى شورايى مركب از رئيس ديوان عالى كشور، دادستان كل كشور، كه هر دو منصوب رهبرى بودند و سه نفر از قضات به انتخاب قضات كشور، اداره مى‌گرديد. اين امر نيز در اداره امور قوه قضائيه و سياست‌گذارى‌هاى آن و همچنين مسئوليت‌پذيرى اعضاى شورا مشكلاتى جدّى به وجود آورده بود و با توجه به اين امر كه قوه قضائيه بايد تحت نظر ولى امر مسلمين‌