صاحب مدارك، صاحب معالم، فاضل سبزوارى و شايدصاحب حدائق از پيروان مكتب محقق اردبيلى هستند. سخن مشهورى است كه مى‌گويند: مطالبى را كه محقق اردبيلى‌احتمال آن را داده، صاحب مدارك گمان به آن پيدا كرده و صاحب ذخيره قطع به آنها پيدا كرده است. اينها، با اين كه‌خود از بزرگان و متفكرانند، ولى به «اتباع اردبيلى» مشهورند.

مرحوم اردبيلى، در رجال نيز، صاحب انديشه است. صاحب‌معالم، كه رجالى است، شايد اين تفكر را از استادش اردبيلى، الهام گرفته باشد.

استقلال در نظر، يكى ديگر از ويژگيهاى فقهى ايشان است. در هر بحثى كه وارد مى‌شود، در برابر ديدگاه اصحاب و فقهاپيشين، بيشتر، نظريه‌اى مستقل ارائه مى‌دهد. نهايت، چون مانند شيخ انصارى فكر حوالى دارد، نظريه‌اش را به طورقطع نمى‌گويد و به صورت احتمال ارائه مى‌دهد كه عرض شد شهود است مى‌گويند: صاحب مدارك همين احتمالها رابه صورت گمان و صاحب ذخيره به صورت قطع مى‌گويند.

شايد اين متفكر بودن ايشان جنبه ارثى نيز داشته باشد؛ چراكه دايى ايشان از رياضى‌دانان بسيار مهم بوده است و خود محقق اردبيلى در بحث قبله مى‌گويد. دايى من پس ازخواجه طوسى، بر همه رياضى‌دانان، پيشى داشت

در مقام قدس و تقواى ايشان همين بس كه شخصيتى مانند صاحب جواهر، در بحث عدالت به معناى اخصى كه مى‌رسد، در تعريف بر كسانى كه شرايط عدالت را خيلى سخت‌گرفته‌اند، مى‌فرمايد:

«با اين حساب، جز محقق اردبيلى و سيد هاشم بحرانى كسى باقى نمى‌ماند.»

يعنى، محقق اردبيلى نمونه اعلاى تقوا و عدالت است.