وكان من أمر شيعة عثمان أن جمعوا صفوفهم وانطلقوا إلى معاوية وبايعوه على الطلب بدم عثمان. فسار بهم معاوية إلى الصعيد وهزم أصحاب ابن أبي حذيفة..
وبعث ابن أبي حذيفة بجيش آخر عليه قيس بن حرمل فاقتتلوا في (خربتا) أول شهر رمضان عام 36 ه‍ فقتل قيس وسار معاوية إلى مصر فخرج إليه ابن أبي حذيفة في أهل مصر فمنعوه أن يدخلها ثم حدث اتفاق بين الطرفين على أن يسلم قادة الشيعة الثلاثة أنفسهم لمعاوية كرهائن إلى حين يتم القبض على قتلة عثمان إلا أن معاوية غدر بالقادة الثلاثة واستولى على مصر.. (4) ولما بلغ علي بن مصاب أبي حذيفة بعث قيس بن سعد بن عبادة الأنصاري على مصر فدخلها سنة سبع وثلاثين واستمال الخارجين بأهل خربتا ومصر يومئذ من جيش علي إلا أهل خربتا الخارجين بها.. (5) ثم أوقع معاوية بين قيس والإمام علي. وتم عزل قيس وتولية محمد بن أبي بكر الذي لم يتمكن من الصمود أمام جيش معاوية بقيادة عمرو بن العاص وسقط قتيلا في عام 38 ه‍ ولم يمكث في الحكم سوى خمسة أشهر.. (6) ويبدو أن محمد بن أبي بكر استفز القوم في مصر كما لم يتمكن من التصدي لهذا التحدي الخارجي القادم من الشام بالإضافة إلى مواجهة الفتن في الداخل..
وبعد سقوط بني أمية وقيام دولة بني العباس ظهرت دعوة بني حسن بن علي بمصر وتكلم الناس بها. وبايع كثير منهم لعلي بن محمد بن عبد الله. وكان أول علوي قدم مصر. وقام بأمر دعوته خالد بن سعيد بن حبيش الصوفي من خاصة الإمام علي وشيعته وحضر الدار في قتل عثمان.. (7) وما زالت شيعة علي بمصر إلى أن ورد كتاب المتوكل على الله إلى مصر يأمر فيه بإخراج آل أبي طالب من مصر إلى العراق فأخرجوا في رجب عام 236 ه‍..
واستتر من كان بمصر على رأس العلوية. وقام يزيد بن عبد الله أمير مصر يومئذ بتتبع الروافض وحملهم إلى العراق..