في سنة تسع وستين وسجنه، فأطال سجنه، فكتب إليه موسى رسالة يقول فيها:
" أما بعد يا أمير المؤمنين، إنه لم ينقض عني يوم من البلاء، إلا انقضى عنك يوم من الرخاء، حتى يفضي بنا ذلك إلى يوم يخسر فيه المبطلون " (1).
ومن المعروف أن الرشيد كان قد أرسل جلاوزته إلى الإمام الكاظم، وكان يتعبد عند قبر جده (صلى الله عليه وسلم) فأخرجوه منه وقيدوه، وأرسله الرشيد إلى البصرة - وكان واليها عيسى بن جعفر بن المنصور العباسي - فحبسه عنده سنة، ثم كتب عيسى إلى الرشيد أن خذه منى، وسلمه إلى من شئت، وإلا أخليت سبيله، فقد اجتهدت أن آخذ عليه حجة، فما قدرت على ذلك، فحبسه ببغداد عند " الفضل بن الربيع "، ثم عند " الفضل بن يحيى "، ثم عند " السندي بن شاهك "، وأخيرا تخلص منه بالسم، وقيل: إن السندي لفه على بساط، وقعد الفراشون على وجهه، فانتقل إلى ربه خنقا (2).
ويروي اليعقوبي أن " السندي بن شاهك " أحضر مسرورا الخادم، وأحضر القواد والكتاب والهاشميين والقضاة ومن حضر ببغداد من الطالبيين، ثم كشف عن وجهه، فقال لهم: أتعرفون هذا؟ قالوا: نعرفه حق معرفته، هذا موسى بن جعفر، فقال هارون: أترون أن به أثرا، وما يدل على اغتياله؟، قالوا: لا، ثم غسل وكفن وأخرج ودفن في مقابر قريش في الجانب الغربي (3).
ويقول " ابن عنبة ": ولما ولي هارون الرشيد الخلافة أكرمه وأعظمه، ثم قبض عليه وحبسه عند الفضل بن يحيى، ثم أخرجه من عنده فسلمه إلى " السندي بن شاهك " ومضى الرشيد إلى الشام، فأمر يحيى بن خالد السندي بقتله، فقيل إنه سم، وقيل بل غمر في بساط ولف حتى مات، ثم أخرج للناس