وحينما شاع بين المسلمين في وقعة أحد مقتل النبي صلى الله عليه وآله وسلم ونزلت الآية: ﴿أفإن مات أو قتل انقلبتم على أعقابكم﴾ (١)، قال فرات: كان علي يقول في حياة النبي: والله لا نقلب على أعقابنا بعد أن هدانا الله والله لئن مات محمد أو قتل لأقاتلن على ما قاتل عليه ومن أولى به مني وأنا أخوه ووارثه وابن عمه (٢). فقول علي أخوه ووارثه استدلت به الشيعة على إمامته.
ويجعل ابن المطهر مواساة علي للنبي من ضمن الأدلة على إمامته (٣).
ومن أدلة إمامة علي عند الشيعة مشاركته في وقعة الأحزاب وقتله عمرو بن عبد ود العامري، وهذا الخبر مشهور عند المؤرخين وقد حفلت كتب المناقب أيضا بأخبار هذه الوقعة (٤).
فقد ذكر علي بن إبراهيم القمي أن الآية ﴿وكفى الله المؤمنين القتال﴾ (5) نزلت في هذه الموقعة ويفسرها أنه كفاهم القتال بعلي بن أبي طالب (6).
ويقول المفيد: وهكذا كان الفتح له وعلى يديه وكان قتلة عمرا ونوفل بن عبد الله سبب هزيمة المشركين (7).
وتتخذ الشيعة من تفضيل النبي صلى الله عليه وآله وسلم عليا وإعطائه الراية يوم خيبر دليلا آخر على إمامته. وقد أعطى رسول الله صلى الله عليه وآله وسلم راية المسلمين في خيبر إلى علي بن أبي طالب في خبر مشهور قال رسول الله صلى الله عليه وآله وسلم: لأدفعن