وكان نقش خاتمه " بالله يثق هارون " وقضى له عهده منهم على بن حرملة، وعون بن عبد الله المسعودي، وحفص بن غياث، وشريك بن عبد الله بن أبي شريك النخعي، ومحمد بن سماعة الحنفي، وحجبه بشر بن ميمون، ثم محمد بن خالد بن برمك، ثم الفضل بن الربيع.
ذكر خلافة الأمين وبويع الأمين محمد بن هارون الرشيد ويكنى أبا موسى وأمه زبيدة أم جعفر ابنة جعفر بن أبي جعفر المنصور يوم السبت للنصف من جمادى الآخرة سنة 193، وبايع له المأمون بخراسان، وكتب إليه بالطاعة والخضوع وامتثال أمره ونهيه، انقيادا إلى ما تقدم به العهد فعمل الأمين في خلعه والاحتيال لذلك وكتب إليه بأمره بتسليم بعض أعماله إلى من يرسم له، فامتنع من ذلك، فكتب إليه يأمره بالمصير إليه لمعاونته على تدبير ملكه، فاعتل بأمور ذكرها، فوجه إليه يسأله تقديم ابنه عليه بولاية العهد، ويرغبه في ذلك ويرهبه، فأبى وقوى الفضل بن سهل ذو الرئاستين عزمه على محاربته.
فلما عادت الرسل إلى الأمين بذلك بايع لابنه موسى " ولقبه الناطق بالحق " وهو يومئذ صبي صغير وسرح على بن عيسى بن ماهان في خمسين ألفا بأعظم ما يكون من القوة والعدد ليجيئه بالمأمون، فندب المأمون للقائه طاهر بن الحسين ابن مصعب بن زريق بن حمزة الرستمي من ولد رستم بن دستان الشديد وهم موالي خزاعة في الاسلام واليهم ينتمون فنزل الري وسار على بن عيسى حتى قرب منهما فالتقيا فاقتتلا قتالا شديدا، فقتل على بن عيسى وفضت جموعه واحتوى على عسكره وذلك لعشر خلون من شعبان سنة 195 فحينئذ سلم على المأمون بأمرة المؤمنين وسمى طاهر ذا اليمينين، وسار طاهر يفتح بلدا بلدا ويكسر من تلقاءه