فقد الأحبة والأولاد، وكتاب كشف الريبة في أحكام الغيبة، ورسالة في عدم جواز تقليد الميت، ورسالة في الاجتهاد، وشرح البداية، وكتاب غنية القاصدين في اصطلاحات المحدثين، وكتاب منار القاصدين في أسرار معالم الدين، ورسالة في شرح حديث الدنيا مزرعة الآخرة، وكتاب الرجال والنسب.
ورسالة في تحقيق الايمان والاسلام، ورسالة في تحقيق النية، ورسالة في أن الصلاة لا تقبل الا بالولاية، ورسالة في تحقيق الاجماع، وكتاب الإجازات، وحاشية على عقود الارشاد، ومنظومة في النحو وشرحها، ورسالة في شرح القبلة وفي بعض بدلها البسملة، وسؤالات الشيخ زين الدين وأجوبتها، وفتاوي الشرائع، وفتاوي الارشاد، ومختصر منية المريد، ومختصر مسكن الفؤاد، ومختصر الخلاصة.
ورسالة في تفسير قوله تعالى (والسابقون الأولون) ورسالة في تحقيق العدالة، وجواب المسائل الخراسانية، وجواب المباحث النجفية، وجواب المسائل الهندية، وجواب المسائل الشامية، والرسالة الاصطنبولية في الواجبات العينية، والبداية في سبل الهداية، وفوائد خلاصة الرجال، ورسالة في ذكر أحواله. إلى غير ذلك من الرسائل والاجازات والحواشي.
ترجمة المحقق الثاني الثاني: الشيخ نور الدين علي بن عبد العالي، المشهور الآن بالمحقق الثاني، فهو في الفضل والتحقيق وجودة التحبير والتطبيق أشهر من أن ينكر، وكفاك اشتهاره بالمحقق الثاني. وكان مجتهدا صرفا أصوليا فقيها بحتا.
وقال في مدحه الشهيد الثاني في اجازته الكبيرة: الامام المحقق نادرة الزمان ونتيجة الأوان الشيخ نور الدين علي بن عبد العالي الكركي قدس سره. وكان معاصرا للشيخ علي بن عبد العالي الميسي، وقد استجازه الشيخ علي الميسي لولده الشيخ ظهير الدين إبراهيم، وقد تقدم ذكره ولنفسه، فكتب له اجازة بذلك (1) انتهى.