نصوص المسائل مع ما ورد في معناها في الكتب المعتبرة مع الإشارة إلى ذلك بعبارة " نحوه ".
كما تم تخريج كل ما ورد من الألفاظ الصعبة والمغلقة، بالإضافة إلى إيضاح أسماء الحيوانات الغريبة مع توضيح المشكل وبيان المغلق، كما نقلنا بعض التعليقات التي وردت في بحار الأنوار بعد الإشارة إليها.
وبعد هذا وذاك ذيلت هوامش الكتاب بصورة فنية وعلمية منسقة.
ج - مستدرك مسائل علي بن جعفر:
إكمالا للعمل، وتتميما للجهد، وإذعانا لقوله صلى الله عليه وآله: رحم الله امرءا عمل عملا صالحا فأتقنه، كانت فكرة " مستدرك مسائل علي بن جعفر " والتي تتمحور فيما يلي:
1 - قمنا بجمع كل - ولا ندعي الاستيعاب - ما ورد من المسائل عن علي بن جعفر من المصادر المتفرقة وجعلت مستدركا للأصل المتقدم وسار العمل فيها على هذا النحو:
أ - المصدر الأول المذكور في الهامش هو الموافق سندا ولفظا للحديث والباقي مصادر ثانوية.
ب - أشير في الهامش إلى الاختلافات السندية واللفظية التي لها شأن وتأثير على معنى الحديث.
ج - التخريج على أكبر عدد ممكن من المصادر.
د - كان عدد المسائل في الأصل المخطوط 429 مسألة، فاستقصينا ما يقرب من 40 من أمهات المصادر - ولا ندعي الإحاطة - فكان المستدرك على المسائل 348 مسألة، بحيث أصبح عدد المسائل مجتمعة 777 مسألة.
ه‍ - شرح ما لعله يحتاج إلى شرح.
و - الإشارة إلى أرقام المقاطع التي رويت من الحديث.