أصحابه وأعيانهم وانقطع بزاويته شمال قرية يونين من أعمال بعلبك متوفراً على العبادة معرضاً عن الدنيا وأهلها يقوم الليل ويسرد الصوم وبقي على ذلك سنين كثيرة إلى أن توفي رحمه الله تعالى في زاويته في قرية يونين في رابع ذي القعدة ودفن بها وهو في عشر الثمانين تقريبا وكان من الأولياء الأفراد لم يشتغل في عمره بغير العبادةً والتوجه إلى الله تعالى على الوجه المشهور الذي يشهد به الكتاب والسنة ومطالعة كتب الرقائق وما يجري مجراها ولم يتزوج في عمره لاستغراق أوقاته بذلك لكنه عقد عقدة على امرأة عجوز تدعى أم يوسف كانت تخدمه لاحتمال أنه يتناول منها شيئاً فتمس يده يدها.
وقال بعض الصلحاء قد قيل أن على قلب كل ولي نبي من أولي العزم رجلا كلما مات جعل مكانه غيره فإن صح فالشيخ عيسى على قلب عيسى ابن مريم عليهما السلام لسلوكه ما يناسب طريقه من الزهد والتحلي فكان لا يتردد إلى أحد البتة وإذا حضر إلى زيارته أحد من أرباب الدنيا والمراتب الجليلة في الدول كالأمراء والوزراء وغيرهم عاملهم بما يعامل به آحاد الناس، وبلغني أن الشيخ نجم الدين البادرائي قصد زيارته فوصل إلى زاويته عند صلاة المغرب فصلى الشيخ المغرب وقام ليدخل إلى خلوته على عادته فعارضه بعض أصحابه فقال يا سيدي هذا لرجل مجتاز وقد قصد زيارتك وانفرد عن أصحابه وجاء الشيخ نجم الدين فسلم عليه وسأله الدعاء وشرع في محادثته فقال الشيخ رحمه الله